1991年3月23日，由福迪·桑科为首的反政府军事组织—革命联合阵线（RUF，简称联阵）在塞东南部边境博马鲁（Bomaru）地区发动武装叛乱，势力逐渐扩大，并占据塞重要钻石矿区。莫莫政府和斯特拉瑟政府曾试图平叛，均未如愿。1996年5月塞大选后，桑科表示愿给予和平一次机会，开始同卡巴领导的新政府和谈。1996年11月30日，联阵与政府在科特迪瓦签署《阿比让和平协定》，同意立即停止敌对行为，组建巩固和平委员会，分享国家权力。但协议未得到执行，桑科在尼日利亚拉各斯机场被捕。

　　1997年5月25日，塞部分军人在约翰•保罗•科罗马少校率领下政变夺权，邀请联阵共同执政，组成“武装革命委员会”（AFRC，简称武革委）。联合国、非洲统一组织、西非国家经济共同体对塞军政权实行制裁，并促成武革委于同年10月23日在几内亚与卡巴流亡政府达成《科纳克里和平方案》，同意限期交权。但武革委未认真执行该方案，西共体遂在尼日利亚领导下对塞采取军事行动，以尼军为主、几内亚、加纳、马里参与的上万名西非维和部队于1998年初向弗里敦发动大规模进攻，并于2月12日攻克弗里敦，推翻军政权。3月10日，卡巴得以回国复位。

　　1999年1月6日，联阵叛军在利比里亚泰勒政权支持下，攻入弗里敦，烧杀抢掠，血洗都城。塞政府及西非维和部队组织抵抗，将叛军逐出首都。政府再次与叛军谈判。7月，在西共体撮合下，卡巴总统与桑科在多哥签署《洛美和平协定》，双方同意永久停止敌对行动，联阵转为政党，建立联合政府，设立巩固和平委员会和战略资源管理、国家重建和发展委员会，给予桑科副总统地位，赦免战犯等。

　　1999年10月20日，卡巴宣布组建新内阁，从联阵和政变军人中任命4名部长、4名副部长，桑科被任命为战略资源管理和国家重建发展委主席，政变领导人科罗马为巩固和平委员会主席。同日，卡巴宣布正式实施解武、复员和重返计划（DDR计划）。10月22日，联合国安理会通过第1270号决议，决定设立联合国塞拉利昂特派团（UNAMSIL，简称联塞团），取代已在塞执行和平监督任务的观察团，从西非维和部队手中接过对塞维和的任务。11月初，首批联合国部队抵塞。

　　2000年5月初，联塞团开始解除叛军武装，遭联阵抵制，500余名联合国维和人员被联阵扣为人质。同时，桑科密谋政变，指使其卫兵枪击抗议联阵袭击联塞团的示威群众，酿成“5•8血案”，桑趁乱逃离在弗里敦的住宅。联合国、西共体紧急行动，英国亦派兵撤侨并开展双边维和，策应联塞团。桑科被亲政府的民防部队抓获，其后台老板—利比里亚总统泰勒迫于国际压力出面协调，人质危机得以解决。11月，在西共体和联塞团的调解下，塞政府与叛军在尼日利亚首都阿布贾签署停火协议，重申遵守《洛美和平协定》。阿布贾停火协议达成后，塞局势相对稳定。

　　2001年5月，塞政府和叛军代表先后在阿布贾和弗里敦会晤，审议停火协议执行情况，商定重新执行DDR计划。2001年下半年开始，解武工作分阶段逐步完成。2002年1月18日，塞举行收缴武器焚烧仪式，卡巴总统宣布持续10年之久的内战结束。2004年2月，DDR计划全面完成，共有72490名前联阵、塞军、民防部队和其它准军事组织战斗人员被解除武装和复员（其中6845人为不满18岁的童兵），共有56700人登记参与重返计划。

　　联合国为塞和平做出了重要贡献，其主要职能包括：监督各方履行和平协议，维护塞各地安全局势，强化塞安全部门，支持塞政府执行DDR计划，帮助塞政府恢复权力与法治并改善治理能力，对塞开展人道援助，支持塞经济社会重建等。自1999年联合国介入塞危机以来，安理会共通过十几项决议，多次将联塞团延期、扩编和加强授权。2001年，联塞团总兵力达17500人（包括260名军事观察员和90名民警），为当时联合国历次维和规模之最。2002年10月起，联塞团开始缩编。截止2005年9月，联塞团仅保留3200名军事人员，并将于2005年12月31日前全部撤出。2006年1月1日起，联合国塞拉利昂综合办事处（联塞综合办）开始工作，其职责主要有：提高塞政府治理和防务能力，帮助塞实现千年发展目标，改善塞人权状况，确保2007年大选公正，防范潜在安全威胁等。